Die Kataloge der Bibliothek sind in den Nachkriegsjahren im Wesentlichen verloren gegangen. Seit 2015 werden die Bestände nach den Regeln für die alphabetische Katalogisierung (RAK) beziehungsweise nach der Umstellung auf das Regelwerk Resource Description and Access (RDA) in der Datenbank des Gemeinsamen Bibliotheksverbundes und des Südwestdeutschen Bibliotheksverbundes (https://kxp.k10plus.de/) katalogisiert.
Der Katalog enthält rund 37.000 Nachweise, ca. 1.500 sind – zumindest auf den K10+ bezogen – Alleinbesitz. Die systematische Erschließung folgt der historischen Aufstellungssystematik, in der die Bibliothek auch wieder aufgestellt ist. Die Systematik wurde von dem Bibliothekar Prof. Dr. Ernst Förstemann (1822-1906) für die Gräflich Stolbergische Bibliothek ausgearbeitet und 1866 auch publiziert (Förstemann, Ernst: Die Gräflich Stolbergische Bibliothek zu Wernigerode. Nordhausen: 1866, auch digital verfügbar unter http://mdz-nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:12-bsb10800299-4). Die Signaturschilder wurden, soweit noch vorhanden, freigelegt und übernommen, ähnlich wurde mit in den Büchern vorhandenen Signatureintragungen umgegangen (allerdings wurden keine neuen Signaturschilder aufgeklebt und i.d.R. keine weiteren Eintragungen vorgenommen). Gab es keine alten Signaturschilder oder Signatureintragungen im Inneren der Bände, wurde die Systemstelle nach der Förstemannschen Systematik vergeben. Da die zur Systemstelle gehörende fortlaufende Nummer nicht rekonstruierbar ist, wurden die Bestände im Anschluss an die historischen Signaturen aufgestellt und mit einer fortlaufenden Nummer versehen, die sich nicht mit den von Förstemann vergebenen überschneidet. Das hat den Nachteil, das Werke einzelner Autoren (z.B. Luther) innerhalb der Systematik an zwei Stellen zu finden sind: Innerhalb der komplett rekonstruierbaren systematischen Aufstellung nach Förstemann und am Ende der gleichen Systemstelle ein zweites Mal. Über eine Möglichkeit, die Bände ohne komplette historische Signatur in die originale Systematik zu integrieren, wird zurzeit nachgedacht. Zur detaillierteren Erläuterung der Systematik sei auf die Publikation vor Förstemann – die auch einen Katalog der Abteilung Z – Handschriften beinhaltet – verwiesen.
Die Handschriften der Bibliothek waren auch Gegenstand einer weiteren Publikation: Herricht, Hildegard: Die ehemalige Stolberg-Wernigerödische Handschriftenabteilung - Die Geschichte einer kleinen feudalen Privatsammlung. Halle/S.: 1970, (Schriften zum Bibliotheks- und Büchereiwesen in Sachsen-Anhalt Bd. 31), die den erhaltenen Stand der Bibliothek spiegelt. Außerdem sind die Handschriften der Abteilung Za - Lateinische Mss. des Mittelalters auch in: Schipke, Renate; Heydeck, Kurt: Handschriftencensus der kleineren Sammlungen in den östlichen Bundesländern Deutschlands: Bestandsaufnahme der ehemaligen Arbeitsstelle Zentralinventar Mittelalterlicher Handschriften bis 1500 in den Sammlungen der DDR (ZIH). Wiesbaden: 2000, (Staatsbibliothek zu Berlin - Preussischer Kulturbesitz. Kataloge der Handschriftenabteilung; Sonderband) dokumentiert. Die Handschriften der Abteilung Zb - Deutsche Mss. des Mittelalters sind beschrieben in: Pfeil, Brigitte: Katalog der deutschen und niederländischen Handschriften des Mittelalters in der Universitäts- und Landesbibliothek Sachsen-Anhalt in Halle (Saale). Halle/S.: 2007 (Schriften zum Bibliotheks- und Büchereiwesen in Sachsen-Anhalt).
Darüber hinaus gibt es Volldigitalisate einer Reihe der Drucke des 15. bis 20. Jahrhunderts, welche im Katalog der Bibliothek recherchierbar sind. Darunter befinden sich auch Drucke, die im Zuge der Arbeiten am VD 16, VD 17 und VD 18 durch die Universitäts- und Landesbibliothek in Halle digitalisiert wurden. Die Herstellung weiterer Volldigitalisate in Kooperation ist begrüßenswert.